Lisaks uutele rajatistele on renoveeritud ka rida muinsuskaitsealuseid ja ajaloolisi hooneid: praeguse Kuperjanovi pataljoni ajaloolised kasarmud, Mereväebaasi ajalooline miiniladu, kus praegu paikneb kasarmu, ja endine torpeedokoda, kuhu rajati söökla, Kaitseväe Peastaabi hoone, Eesti sõjamuuseumi kindral Laidoneri muuseumi hoone (Viimsi mõisahoone), Seli tervisekeskuse hooned Seli mõisa kompleksis.
Viimase kaheksa aasta jooksul on Kaitseministeerium renoveerinud muinsuskaitse all olevaid hooneid ca 38 miljoni euro eest.
Ajalooline miiniladu, ehitatud 1913, renoveeritud 2014-2015, kasutusel Vahipataljoni kasarmuna ja bürooruumidena. Sisevaade.
Ajalooline miiniladu, ehitatud 1913, renoveeritud 2014-2015, kasutusel Vahipataljoni kasarmuna ja bürooruumidena. Välivaade.
Torpeedokoda - ehitatud 1925, renoveeritud 2015-2016, kasutusel Mereväebaasi sööklana.
Ehitatud 1925 sõjaväe hospidaliks, renoveeritud 2002, hoones paikneb Kaitseväe Peastaap.
Ehitatud ja korduvalt ümber ehitatud 18-20. sajandil, renoveeritud aastatel 2005-2015, kasutusel Kaitseministeeriumi tervise- ja taastusravikeskusena
Mõisasüda ehitatud esmakordselt 18. sajandil, pärast 1865. aastat ümber ehitatud, renoveeritud 1990-ndate lõpp, 2000-ndate algus, hoones paikneb Eesti sõjamuuseum – kindral Laidoneri muuseum.
Ehitatud 1932, 1936, renoveeritud 2002 ja 2007, kasutusel kasarmutena Kuperjanovi pataljonis.
Ehitatud 1938 – 1940, renoveeritud 1998-1999, kasutusel KVÜÕA, Balti Kaitsekolledži õppehoonena, samas majas paikneb ka Kaitseliidu Tartu malev.